社会稳定风险评估是一个系统工程，从评估的主体来看，社会稳定风险评估由各级政府负责组织实施；从评估的内容来看，社会稳定风险评估的目的是预防、化解和处置重大事项实施过程中可能产生的矛盾和冲突。随着我国改革开放和社会转型不断深化，重大项目建设大量上马，重大工程的建设与运营对社会稳定会产生重要影响。目前我国部分地区、部分领域开展了重大事项社会稳定风险评估工作，但在实践中还存在一些问题。
评估主体与责任不明
评估主体不明确是造成社会稳定风险评估结果不科学、不规范的重要原因，一些地方在开展重大事项社会稳定风险评估工作中，往往由一个部门负责评估或由一个部门牵头负责评估，这种情况下，一般会形成评估工作的“碎片化”和“非一体化”现象。在这种情况下，社会稳定风险评估容易流于形式，导致结果的不科学和不规范。
评估指标体系不完善
在现实中，影响社会稳定的因素比较复杂，社会稳定风险因素很多。对这些影响社会稳定的因素要进行系统分析，按照系统性、关联性、层次性、可比性原则，进行归纳分类。目前，我国现有的评估指标体系还不够完善，比如对一些社会稳定风险因素考虑不够全面，还存在遗漏。有的地方开展评估工作时，只注重结果导向型指标体系而忽略过程导向型指标体系的建立和完善。很多地方对重大事项开展社会稳定风险评估时，主要通过征求意见稿的方式确定风险等级，很少对风险点进行识别和分析判断。有些地方虽然设计了一系列指标体系，但往往都是泛泛而谈，很难衡量实际工作中的各种风险。
评估过程不规范
当前，社会稳定风险评估工作主要存在评估主体单一、评估指标体系不完善、评估结果未反馈等问题。在实际操作中，容易出现以下问题：
（一）政府对社会稳定风险评估工作认识不到位，认为评估工作是形式主义，不符合国家关于重大事项决策的程序规定；
（二）社会稳定风险评估缺乏标准规范的操作指南，尤其是在实际操作中，容易出现不按规定进行调查和征求意见、不按规定组织专家论证、未经集体讨论擅自作出决策等问题；
（三）在社会稳定风险评估的过程中，部分社会稳定风险评估主体存在选择性的问题，在进行相关调查时存在不客观、不全面等问题，从而影响了社会稳定风险评估的质量。
评估结果应用不充分
从理论上讲，社会稳定风险评估结果必须得到有效应用，才能发挥其应有的作用。然而，目前一些地区在重大事项社会稳定风险评估中往往只注重结果，而不注重评估的过程与结果，使得社会稳定风险评估的效果大打折扣。实践中，部分地方政府往往将社会稳定风险评估作为一种形式来对待，流于形式。
评估机制不健全
部分地区开展的社会稳定风险评估工作没有相应的评估机制作保障，不能很好地解决在实践中遇到的问题。如一些地区社会稳定风险评估工作由各级政府各部门自行开展，缺乏统一协调机制；有些地区虽成立了社会稳定风险评估机构，但却没有与政府各部门建立有效的沟通协调机制，工作的开展缺乏应有的保障。
